Предложение о переносе главкомата ВМФ в Петербург было выдвинуто еще в октябре 2007 г. спикером Госдумы Борисом Грызловым. По его мнению, переезд должен был стать важной частью программы "Санкт-Петербург - морская столица России". Инициативу председателя Госдумы активно поддержала губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко. Авторы идеи предполагали, что новой штаб-квартирой ВМФ должно было стать здание Адмиралтейства, расположенное на берегу Невы, между Медным всадником и Зимним дворцом.

У военных инициатива Бориса Грызлова вызвала шквал критики. В начале 2008 г. против этого предложения высказался начальник Генштаба Вооруженных сил, генерал армии Юрий Балуевский. Он назвал идею "не имеющей здравого смысла" и указал, что переезд обернется подрывом боеготовности флота, а также потерей на длительный период устойчивости всей системы управления ВМФ.

Несколько адмиралов обратились к руководству страны с письмом, в котором указали на бессмысленность переезда, а также на то, что московская инфраструктура, созданная для главкомата флота, позволяет ему успешно решать возложенные на него задачи. Весной прошлого года ряд СМИ сообщил, что переезд Главного штаба ВМФ в Петербург был временно приостановлен.

В сентябре прошлого года министр обороны Анатолий Сердюков подтвердил, что перенос главкомата состоится. Однако чуть позже его заместитель Григорий Нагинский сообщил журналистам, что перевод штаба в Петербург не планируется.

На самом здании Адмиралтейства в Петербурге, куда планируется переезд штаба, уже несколько лет висят таблички, которые гласят, что там находится Главный штаб ВМФ России.